Il Comitato è stato costituito venerdì 5 dicembre 2003 a Bologna tra i firmatari del Documento di Consenso sulle MNC sottoscritto alla Conferenza di Consenso sulle MNC tenutasi a Bologna il 20 ottobre nell'ambito del 43° Congresso Nazionale della Società Italiana di Psichiatria.
Successivamente altre associazioni hanno sottoscritto il Documento di Consenso e hanno aderito al Comitato.
Il Comitato, realtà apolitica indipendente, no-profit, senza conflitti di interesse, multidisciplinare, multiprofessionale e integrata di riferimento nel panorama delle MNC del nostro Paese, nasce con lo scopo di concretizzare con tutte le iniziative del caso quanto sottoscritto col Documento di Consenso e di sensibilizzare l'opinione pubblica sulle MNC e di costituirsi come l'interlocutore più autorevole e rappresentativo delle MNC di area medica nei confronti delle Istituzioni, grazie anche alla presenza delle associazioni dei pazienti delle medicine non convenzionali, contando ben 23 tra associazioni, società scientifiche, federazioni, l'Associazione Italiana Pazienti della Medicina Antroposofica, l'Associazione Pazienti Ayurvedici "Atah", il Tribunale per i Diritti del Malato - CittadinanzaAttiva dell'Emilia-Romagna.
Cinque delle nove società medico-scientifiche di MNC iscritte alla Federazione delle Società Medico Scientifiche Italiane, FISM, sono componenti costitutive del Comitato: AIOT, FIAMO, FISA, SIMA, SIMO.
Il Comitato rappresenta circa 12.000 tra medici, odontoiatri e veterinari di tutte le discipline riconosciute dalla Federazione degli Ordini dei Medici Chirurghi e degli Odontoiatri e dei Veterinari: Agopuntura, Fitoterapia, Medicina Antroposofica, Medicina Ayurvedica, Medicina Omeopatica, Medicina Tradizionale Cinese, Omotossicologia.
Il Comitato è impegnato a livello medico, sociale e nei confronti delle istituzioni operando nei seguenti ambiti: educazione alla salutogenesi, riconoscimento legislativo, informazione e rapporti con i media, consenso informato per una libera scelta dei percorsi di salute, formazione non solo di medici, odontoiatri e veterinari ma di tutti gli operatori della sanità, farmacoeconomia e integrazione sul territorio per i problemi dell'equilibrio sostenibile, criteri di qualità, sicurezza ed efficacia delle terapie e dei farmaci nelle varie discipline mediche rappresentate, sostegno e confronto con le associazioni dei pazienti ed è aperto a tutte le componenti sanitarie, nelle sedi rappresentative della professione medica, alle Istituzioni della Repubblica sia nazionali che regionali e territoriali, nonché nei confronti delle associazioni dei cittadini.
Il Comitato è il partner italiano dell'European Research Initiative on Complementary and Alternative Medicine (EURICAM) e di European Forum for Complementary and Alternative Medicine (EFCAM).
Il Comitato è Corresponding Partner del European Coalition on Homeopathic and Anthroposophic Medicinal Products (ECHAMP).
Il Comitato inoltre è co-fondatore e patrocinatore della Campagna "Giù le Mani dai Bambini" la più importante e visibile campagna di farmacovigilanza per l'età pediatrica mai avviata in Italia di informazione sociale contro l'abuso degli psicofarmaci nei bambini.
Il Comitato, i suoi sito internet e mailiglist operativa sono ospitati gratuitamente dalla Fondazione Matteo Ricci di Bologna.